Rabu, 30 November 2011

http://negative-cheaterz.blogspot.com/2011/11/big-boobs-girl-molested-on-train.html

Selasa, 15 November 2011

PENGANTAR BIOKIMIA

Motto :
“Mengajar tidak bertujuan mengisi botol kosong, tetapi mengajar adalah untuk
menyulut api dari suatu obor" –
Filosofi Pembelajaran :
• Menjelaskan, bukan mengindoktrinasi
• Menunjukkan hal yang perlu diketahui dan yang tidak perlu diketahui
• Menghargai pertanyaan tentang hal yang belum diketahui
• Mempelajari semua hal adalah tidak mungkin, tetapi yang lebih penting adalah
mengorganisir hal yang kita ketahui agar dapat digunakan

I. Tujuan Perkuliahan
1. Memperkenalkan bahasa biokimia: Kosakata (istilah dan struktur), tatabahasa (reaksi-reaksi), struktur kalimat (jalur-jalur metabolisme), dan pengertian (hubungan-hubungan metabolisme)
2. Mengajarkan cara mengambil intisari proses kehidupan
3. Menyarikan kesatuan konsep yang mendasari proses kehidupan
4. Menularkan hasrat mencari tahu atas hal yang akan dipelajari dan hal yang perlu diketahui
A. Tentang Struktur
Struktur biokimia yang rumit tidak akan pernah dapat ditiru, akan tetapi hal yang perlu dipikirkan tentang struktur tersebut adalah:
 Bagaimana konsentrasinya berubah sebagai tanggapan atas kondisi metabolisme tertentu
 Bagaimana struktur tersebut berperan terhadap aktifitas biologisnya
 Dalam jalur metabolisme mana senyawa dengan struktur tersebut ditemukan (dari apa/mana asal senyawa tersebut dan menjadi apa selanjutnya?)

B. Ciri-Ciri Kehidupan
1. Keragaman biologis: mikroba, ganggang, lumut, tanaman, serangga, burung,
monyet, kamu
2. Kesatuan kimiawi: sistem kehidupan (di bumi) mengikuti hukum fisika-kimia
organik– tidak ada aturan khusus
C. 3 Kebutuhan Kehidupan:
(1) ENERGI, perlu diketahui bagaimana:
 Memperolehnya
 Mengubahnya
 Menggunakannya
Description: figure-01-28





(2) MOLEKUL SEDERHANA, perlu diketahui bagaimana:
 Mengubahnya
 Mempolimerasinya
 Menghancurkannya

(3) MEKANISME KIMIA, untuk:
 Memperoleh energi
 Mengendalikan reaksi kimia yang berurutan
 Mensintesis & mendegradasi makromolekul
 Mempertahankan kesetimbangan yang dinamis
 Swa-susun struktur yang kompleks
 Mengganda secara akurat & efisien
 Mempertahankan keteraturan proses biokimia dalam lingkungan yang berubah-ubah

Strategi 1: Mahluk hidup menggunakan pasangan kimia untuk mengendalikan proses kimia yang normalnya tidak dapat terjadi



Strategi 2: Mahluk hidup menggunakan enzim untuk memacu reaksi yang biasanya lambat

Bagaimana enzim memacu reaksi, penjelasan termodinamikanya?

D. Biomolekul – Komposisi

99% dari sel tersusun dari unsur
H, O, N, and C
Unsur Elektron tanpa pasangan Jumlah relatif
H 1 2/3
O 2 1/4
N 3 1/70
C 4 1/10


KEKHASAN ATOM KARBON
Atom Karbon yang Fleksibel adalah Tulang Punggung Kehidupan


 ISOMER KIMIA
Rumus kimia sama, bentuk berbeda


 MOLEKUL KIRAL
bentuk putaran berbeda dengan bentuk bayangan

 STEREOISOMER
Rumus dan bentuk kimia sama – fungsi biologis

E. PERUBAHAN BIOKIMIA
Dapat Dikelompokkan dalam 5 kategori
1. Reaksi pemindahan gugus
2. Reaksi oksidasi-reduksi
3. Penataan kembali (isomerisasi)
4. Reaksi pemotongan
5. Reaksi kondensasi
F. STRUKTUR BIOMOLEKUL


ANABOLIK

Senyawa penyusun Makromolekul
• Gula sederhana Polisakarida
• Asam amino Protein ( Peptida )
• Nukleotida RNA atau DNA
• Asam lemak Lipida

KATABOLIK

Gugus Fungsional yang Umum

Nukleofil Biologis yang Penting: gugus fungsional kaya elektron
Biosintesis Membutuhkan Molekul Sederhana untuk Digabung secara Kovalen melalui Berbagai Cara …



• Kemudian, identifikasi tipe molekul yang ditemukan dalam mahluk hidup
• Asam Amino
• Nukleotida


• Karbohidrat

• Lipida

Minggu, 13 November 2011

GENETIKA

Isolasi DNA merupakan langkah mempelajari DNA. Salah satu prinsisp isolais DNA yaitu dengan sentrifugasi. Sentrifugasi merupakan teknik untuk memisahkan campuran berdasarkan berat molekul komponennya. Molekul yang mempunyai berat molekul besar akan berada di bagian bawah tabung dan molekul ringan akan berada pada bagian atas tabung (Mader 193). Hasil sentrifugasi akan menunjukkan dua macam fraksi yang terpisah, yaitu supernatan pada bagian atas dan pelet pada bagian bawah (Campbell 2002).
Isolasi DNA dengan teknik sentrifugasi akan mengendapkan DNA. Supaya hasil isolasi berupa DNA murni yang tidak tercampur dengan molekul-molekul lain maka dalam proses isolasinya dicampurkan berbagai macam larutan. Larutan A berfungsi sebagai resuspensi yaitu penggabunagn kembali pelet yang telah terbentuk dengan larutan yang dicampurkan. Selain itu larutan A juga berfungsi sebagai buffer dan pengkelat. Pemilihan buffer tersebut dilihat dari kemampuan buffer menghasilhkan arus listrik. Larutan B yang terdiri atas SDS dan NaOH berfungsi sebagai larutan pelisis. NaOH sendiri dapat mendenaturasi protein. Sedangkan larutan C befrungsi untuk merenarutasikan kembali. Etanol 70% yang digunakan dalam proses isolasi berfungsi untuk mengeluarkan endapan garam karena Na+ bermuatan positif dan DNA bermuatan negatif. Larutan ddH2O yang ditambahkan berfungsi agar endapan DNA yang dihasilkan didapat dengan konsentrasi yang cukup tinggi. Larutan di vortex untuk memudahkan bakteri tersuspensi. Bakteri yang telah diendapkan tersebut kana lisis dengan penambahan larutan buffer. Agar proses lisisnya bakteri sempurna maka larutan dibolak-balik secara halus. Bakteri yang telah lisis ini ditandai dengan munculnya lendir. Ciran DNA yang dihasilkan kemudina dipisahkan dari endapannya. Cairan ini ditambahkan RNase untuk melisiskan RNA supaya hasil yang diisolasi berupa DNA murni.
DNA yang telah diisolasi diuji kualitas dan kuantitasnya melalui elektroforesis dan spektrofotometer. Elektroforesis memisahkan DNA, RNA, dan protein berdasarkan bobot molekul dan muatanya dengan menggunakan media pemisah. DNA bermuatan negatif sehingga pada elektroforesis DNA akan bergerak dari kutub negatif ke kutub positif. Kecepatan pergerakan ini tergantung pada ukuran molekul DNA, kerapatan media gel yang dilalui DNA, serta arus listrik yang diberikan untuk bermigrasi molekul DNA. Sebelum proses elektroforesis suspensi DNA dicampur dengan peyangga muatan berwarna loading dye. Penambahan warna ini berfungsi untuk menambah densitas sehingga DNA bearada di bagian bawah sumur, selain itu pewarna ini digunakan untuk memudahkan meletakan contoh DNA ke dalam sumur dan bergerak ke arah anoda dengan laju yang dapat diperkirakan sehingga dapat digunakan sebagai tanda migrasi DNA.
DNA hasil elektroforesis yang terlihat di atas lampu UV dapat dilihat pergerakannya. Hasil elektroforesis DNA total menunjukkan adanya pita-pita DNA yang diisolasi dari bakteri Escherichia coli yang kemungkinan adalah DNA plasmid (Gambar 1). Hal ini dapat dilihat dari pergerakannya yang tinggi. Pergerakan DNA di agarose berhubungan dengan besar molekul. Sehingga pergerakan yang tinggi ini menunjukan ukuran DNA yang tidak terlalu besar. Plasmid merupakan DNA sirkuler yang ukurannya relatif kecil. Hal ini menunjukkan bahwa DNA total yang diisolasi mempunyai keutuhan yang tinggi. Akan tetapi pada beberapa kelompok pergerakan DNA tiadak dapat diamati. Kejadian ini dapat terjadi karena kesalahan teknis saat memasukan DNA ke dalam sumur gel agarose. Bisa jadi DNA yang dimasukan tidak masuk benar-benar ke dalam sumur gel sehingga saat elektroforesis DNA tidak bergerak. Selain itu kesalahan juga dapat terjadi karena DNA yang telah masuk ke dalam sumur tersedot kembali masuk ke dalam pipet mikro. Sehingga sumur tidak berisi DNA.
Kuantifikasi DNA total dengan spektrofotometer pada panjang gelombang 260 nm menunjukkan bahwa rendemen isolasi DNA konsentrasinya berkisar antara 19610 ng/ µL dan 19800 ng/ µL tiap 1500 µL bahan biakan E. coli. Tingkat kemurnian DNA plasmid yang diisolasi dilihat dari nilai absorban pada panjang gelombang 260 nm dibadi nilai absorban pada panjang gelombang 280 nm. Kemurnian DNA plasmid kelompok 8 menunjukan hasil sebesar 1,115. Nilai ini belim termasuk nilai DNA murni karena isolasi DNA murni nilainya lebih besar atau sama dengan 1,8.


(sumber : situsbiologiindonesia.blogspot.com)
Suatu kromosom terdiri dari beberapa bagian yaitu kromatid, kromomer, sentromer atau kinetokor, satelit, dan telomer.
1. Kromatid
Kromatid adalah salah satu dari dua lengan hasil replikasi kromosom. Kromatid masih melekat satu sama lain pada bagian sentromer. Istilah lain untuk kromatid adalah kromonema. Kromonema merupakan filamen yang sangat tipis yang terlihat selama tahap profase (dan kadang-kadang pada tahap interfase). Kromonema sebenarnya merupakan istilah untuk tahap awal pemintalan kromatid. Jadi, kromonema dan kromatid merupakan dua istilah untuk struktur yang sama.
2. Kromomer
Kromomer adalah penebalan-penebalan pada kromonema. Kromomer ini merupakan struktur berbentuk manik-manik yang merupakan akumulasi dari materi kromatin yang terkadang terlihat saat interfase. Kromomer sangat jelas terlihat pada kromosom politen (kromosom dengan DNA yang telah direplikasi berulang kali tanpa adanya pemisahan dan terletak berdampingan sehingga bentuk kromosom seperti kawat)
3. Sentromer
Sentromer adalah daerah konstriksi (lekukan primer) di sekitar pertengahan kromosom. Pada sentromer terdapat kinetokor. Kinetokor adalah bagian kromosom yang yang merupakan tempat perlekatan benang spindel selama pembelahan inti dan merupakan tempat melekatnya kromosom.
4. Lekukan kedua
Pada beberapa kromosom terdapat lekukan kedua yang berada di sepanjang lengan dan berhubungan nucleolus. Oleh karena itu disebut dengan NOR (Nucleolar Organizing Regions).
5. Satelit
Satelit adalah bagian kromosom yang berbentuk bulatan dan terletak di ujung lengan kromatid. Satelit terbentuk karena adanya kontriksi sekunder di daerah tersebut. Tidak semua kromosom memiliki satelit.

6. Telomer
Telomer merupakan istilah yang menunjukkan daerah terujung pada kromosom. Telomer berfungsi untuk menjaga stabilitas bagian terujung kromosom agar DNA di daerah tersebut tidak terurai. Karena pentingnya telomer, sel yang telomer kromosomnya mengalami kerusakan umumnya segera mati.

Gb. Struktur kromosom

Gb. Kromomer dan Kromonema suatu kromosom
(sumber : situsbiologiindonesia.blogspot.com)
Letak sentromer pada kromosom membedakan jenis kromosom. Berdasarkan letak sentromer, kromosom dibedakan menjadi:
1. Telosentrik : sentromer terletak di ujung kromosom sehingga kromosom hanya memiliki sebuah lengan dan berbentuk seperti huruf I. Kromosom manusia tidak ada yang berbentuk telosentrik.
2. Akrosentrik : sentromer terletak di dekat ujung kromosom. Satu lengan kromosom sangat panjang, sedangkan lengan lainnya sangat pendek.
3. Submetasentrik : sentromer terletak di submedian (ke arah salah satu ujung kromosom) dan membagi lengan kromosom menjadi dua lengan yang tidak sama panjang. Satu lengan panjang dan satu lengan pendek, seperti huruf L.
4. Metasentrik : sentromer terletak di tengah, membagi lengan kromosom menjadi dua lengan yang hampir sama panjang seperti huruf V.

Gb. Bentuk-bentuk kromosom

Pemurnian DNA

Pemurnian ini dilakukan untuk memisahkan DNA dari Protein, lemak, dan karbohidrat yang berasal dari sel. Pemurnian ini dilakukan dengan alat sentrifus dengan ditambah pelaru-pelerut yang dapat mengendapkan DNA. Untuk DNA kromosom pada praktikum ini digunakan Isopropanol dan untuk mengendapkan DNA plsmid digunakan phenol / kloroform dan amonium asetat dan etanol.

Prinsip dalam melakukan isolasi DNA pada praktikum ini yaitu menggunakan sentrifugasi Prinsip utama sentrifugasi adalah memisahkan substansi berdasarkan berat jenis molekul dengan cara memberikan gaya sentrifugal sehingga substansi yang lebih berat akan berada di dasar, sedangkan substansi yang lebih ringan akan terletak di atas. Teknik sentrifugasi tersebut dilakukan di dalam sebuah mesin yang bernama mesin sentrifugasi dengan kecepatan yang bervariasi, contohnya 2500 rpm (rotation per minute) atau 3000 rpm.

Sabtu, 12 November 2011

TAXONOMI HEWAN

Difusi dan Osmosis

Difusi - proses dimana molekul menyebar dari daerah concentratiion tinggi, ke daerah-daerah konsentrasi rendah. Ketika molekul bahkan seluruh ruang angkasa - itu disebut EKUILIBRIUM

Konsentrasi gradien - perbedaan antara konsentrasi dalam ruang.





OSMOSIS

molekul air bergerak melintasi membran selektif permeabel. Molekul air adalah bentuk biru kecil, dan zat terlarut adalah hijau.

Zat terlarut lebih terkonsentrasi pada sisi kanan untuk memulai dengan, yang menyebabkan molekul untuk bergerak melintasi membran ke arah kiri sampai kesetimbangan tercapai.
Selektif Permeable - membran yang memungkinkan beberapa hal melalui, membran sel adalah memindahkan permeabel selektif, air dan oksigen bebas melintasi membran sel, dengan difusi

Osmosis - difusi air (melintasi membran)

Air akan bergerak ke arah di mana ada konsentrasi tinggi zat terlarut (dan karenanya konsentrasi yang lebih rendah dari air.

Sebuah aturan sederhana untuk diingat adalah:

Garam terlarut, ketika itu terkonsentrasi di dalam atau di luar sel, akan menarik air di arah. Ini juga mengapa Anda mendapatkan haus setelah makan sesuatu yang asin.





Jenis Solusi
Jika konsentrasi zat terlarut (garam) sama pada kedua belah pihak, air akan bergerak kembali di balik tetapi tidak akan memiliki hasil pada jumlah keseluruhan air di kedua sisi.
"ISO" artinya sama
Kata "Hypo" berarti kurang, dalam hal ini ada kurang zat terlarut (garam) molekul di luar sel, karena garam menyebalkan, air akan bergerak ke dalam sel.
Sel akan mendapatkan air dan tumbuh lebih besar. Pada sel tanaman, vakuola pusat akan mengisi dan tanaman menjadi kaku dan kaku, dinding sel menjaga tanaman dari meledak
Pada sel hewan, sel mungkin dalam bahaya meledak, organel yang disebut vakuola kontraktil akan memompa air keluar dari sel untuk mencegah hal ini.
Kata "Hyper" berarti lebih, dalam hal ini ada lebih terlarut (garam) molekul di luar sel, yang menyebabkan air yang akan tersedot ke arah itu.
Pada sel tanaman, vakuola pusat kehilangan air dan sel-sel menyusut, menyebabkan layu.
Pada sel hewan, sel-sel juga menyusut.
Dalam kedua kasus, sel akan mati.
Ini adalah mengapa itu berbahaya untuk minum air laut - sebuah mitos bahwa minum air laut akan menyebabkan Anda untuk pergi gila, tapi orang-orang terdampar di laut akan mempercepat dehidrasi (dan kematian) dengan minum air laut.
Ini juga mengapa "pengasinan ladang" adalah taktik umum selama perang, itu akan membunuh tanaman di lapangan, sehingga menyebabkan kekurangan pangan.

Difusi dan Osmosis adalah kedua jenis TRANSPORT PASIF - yaitu, tidak ada energi yang diperlukan untuk molekul untuk bergerak masuk atau keluar dari sel.
Kadang-kadang, molekul besar tidak dapat melewati membran plasma, dan "dibantu" oleh protein pembawa di - proses ini disebut difusi difasilitasi.





AKTIF TRANSPORT

Transportasi Aktif - Ketika sel-sel harus bergerak bahan dalam arah yang berlawanan - melawan gradien konsentrasi. Hal ini membutuhkan Energi.

Protein atau Pompa ditemukan dalam molekul sel membran transportasi melintasi membran.


Transportasi molekul - Protein yang digunakan untuk memindahkan molekul kecil seperti kalsium, kalium, dan ion natrium melintasi membran
Endositosis - sel mengambil dalam partikel besar melanda mereka dengan

Fagositosis - "sel makan" - ekstensi dari sitoplasma mengelilingi partikel dan paket itu dalam vakuola makanan dan kemudian sel menelan itu. Ex. Amuba menggunakan proses ini.
Pinocytosis - proses mengambil cairan dari lingkungan sekitarnya. Kantong kecil di sepanjang bentuk membran, isi dengan cairan, dan mencubit off.
Exocytosis - sel menghilangkan partikel, kebalikan dari endositosis











Posting kali ini saya membahas tentang praktikum mengamati proses osmosis pada kentang. Jenis praktikum yang ini lebih mudah dan lebih murah dibandingkan disain praktikum sejenis yang menggunakan kertas selofan atau usus babi.
Langsung saja, misalnya prosedur praktikumnya seperti berikut ini
Alat dan Bahan
• Pisau
• Tissue
• Gelas ukur 50 ml
• Stopwatch
• Neraca
• Kentang
• Aquades
• Larutan glukosa 30%
• Larutan glukosa 5%
Cara Kerja
1. Bersihkan kentang mentah dari kulitnya.
2. Potong kentang dengan ukuran 2 × 1 cm sebanyak 3 potong. Usahakan potongan kentang tersebut memiliki berat yang sama. Saat mengupas kentang dan memotongnya upayakan jangan sampai terkena air atau cairan apa pun.
3. Siapkan larutan gula 30 % dan 5 % masing-masing dalam gelas ukur dengan volume sekitar 20 mL.
4. Masukkan potongan kentang secara bersamaan ke masing-masing gelas ukur yang telah diberi tanda A (larutan glukosa 30%), gelas ukur B (larutan glukosa 5%), dan gelas ukur C berisi aquades.
5. Biarkan potongan kentang tersebut terendam selama 20 menit.
6. Setelah 20 menit angkatlah kemudian simpan di atas tissue. Dan periksa keadaan kentang tersebut, kemudian timbang ulang kentang tersebut dan catat hasilnya.

Hasil Pengamatan
LARUTAN SEBELUM SESUDAH KEADAAN
A GULA 30% 1 GR 0,2 GR LEMBEK
B GULA 5% 1 GR 0,4 GR AGAK LEMBEK
C AQUADES 1 GR 1,2 GR KERAS
Pembahasan
Perhatikan berat kentang semula sebelum direndam, semua sama 1 gr. Setelah perendaman pada larutan gula 5% tekstur kentang agak lembek, sedangkan perendaman pada larutan gula 30% kondisinya lebih lembek. Tetapi keduanya menunjukkan pengurangan berat.
Sedangkan perendaman pada aquades, tekstur kentang menjadi keras dan beratnya bertambah.


Kiri: kentang menjadi lembek setelah direndam dalam larutan glukosa. Kanan : kentang mengeras setelah direndam aquades.
Bagaimana penjelasannya?
Ingat konsep ini: osmosis adalah perpindahan air, dari larutan hipotonis ke larutan hipertonis melalui membran semipermeabel.
Saat kentang direndam dalam larutan gula 30% dan 5% akan terjadi perpindahan air secara osmosis dari sel-sel kentang keluar menuju ke larutan. Perpindahan air ini terjadi karena sel-sel kentang hipotonis terhadap larutan gula yang hipertonis. Lihat gambar berikut.

Perhatikan apa yang terjadi jika sel hewan dan sel tumbuhan direndam dalam larutan hipertonis atau hipotonis.
Peristiwa ini berakibat pada dua hal:
1. Sel-sel kentang kekurangan air (isi sel), akibatnya terjadi plasmolisis yang mengakibatkan penurununan tekanan turgor. Jika tekanan turgor menurun akibatnya kentang menjadi empuk dan lembek
2. Terjadi penurunan berat kentang akibat perpindahan air dari sel-sel kentang ke larutan.
3. Kelunakan kentang dan pengurangan berat bergantung pada konsentrasi larutan. Semakin hipertonis larutannya, maka semakin lembek kentangnya, juga semakin banyak pengurangan beratnya.

Beginilah bentuk sel yang mengalami plasmolisis. Perhatikan rongga yang terbentuk di antara membran sel dengan dinding sel.
Untuk kentang yang direndam dalam aquades, peristiwa yang berkebalikan terjadi. Air dari larutan masuk ke dalam sel-sel kentang, karena sel-sel kentang hipertonis dibandingkan air. Akibat masuknya air ini menyebabkan isi sel bertambah, dan sel dalam keadaan turgid (tekanan turgor tinggi). Inilah yang menyebabkan kentang menjadi keras dan beratnya bertambah.